Джото и неговите ученици рисуват цикъл стенописи по поръчка Теобалдо Понтано, епископ на Асизи от 1296 до 1329 година. На страничните стени на параклиса са изобразени седем сцени от живота на светеца, на свода - в медальони - Христос, Божията майка, Мария Магдалена, светците Лазар и Марта. Тези стенописи, за разлика от фреските на Горната църква, които бяха силно повредени по време на земетресението през 1997 г., останаха непокътнати. Но при последния планиран преглед на състоянието им реставраторите бяха сериозно разтревожени.

Серджо Фузети, който от 1997 г. е главен реставратор и пазител на стенописите в двете църкви на базиликата "Св. Франциск" в Асизи, разказва  пред Il Giornale dell'Arte за проблемите на стенописите.  В допълнение към реставрацията на стенописите на Горната църква, продължила 12 години, екипът на Фузети е възстановил и основния шедьовър на Джото - стенописите в параклиса на семейство Скровени в Падуа, посветени на епизоди от живота на Дева Мария и Исус Христос. 

„Когато преди две години работехме върху стъклописи в параклиса „Мария Магдалена“, установих с почукване стените, че в някои участъци последният слой грунд (интонако), който се нанася преди боите, започва да се отлепва - казва реставраторът. - И макар самите стенописи да изглеждат непокътнати, стигнах до извода, че за да се избегне сриване в случай на нови трусове, те трябва да бъдат укрепени. Още повече, че последните реставрационни работи в параклиса са извършени през 1968 и 1974 година“.

„Тогава, преди две години, ни се стори, че достатъчно да обърнем малко повече внимание на параклиса, отколкото обикновено.  Вече стана ясно, че е необходима по-сериозна намеса. - продължава Фузети. - Както се оказа при по-внимателен оглед, стенописите бяха покрити със сив слой от най-фин прах и водни пари от тълпите туристи, които посещават църквата всеки ден. 

Фузети обяснява как ще бъде отстранено замърсяването: "В някои участъци  използваме дестилирана вода и наситен разтвор на амониев карбонат, в други просто гореща вода".  За укрепването на самите стени, през малки дупки с обикновени медицински спринцовки в тях ще бъде инжектирани акрилна смола, разредена във вода.  Основната работа по стенописите ще струва 395 000 евро и ако не се появят непредвидени обстоятелства, ще приключи не по-късно от 25 декември.