Българската православна църква също се обяви срещу готвените промени в Закона за вероизповеданията, засягащи финансирането на религиозните организации у нас и противодействието на верския екстремизъм. Законопроекти в този смисъл внесоха последователно ГЕРБ, БСП и ДПС, от една страна, и ВМРО, от друга. Противопоставиха им се мюсюлмани, католици, евангелисти. Неодобрението на Светия синод обаче е особено симптоматично, тъй като православието беше единствената религия у нас, за която се смяташе, че може да извлече изгода от готвените промени.
В своето становище Синодът посочва, че и действащият закон има разпоредби, които позволяват ограничения на свободата на вероизповедание, ако вреди на националната сигурност, обществения ред, народното здраве и морала или на правата и свободите на гражданите. И сега не се разрешава употребата на религията за политически цели. „Борбата с тероризма или други престъпления, насочени срещу конституционния и законов ред в държавите, са в предметния обхват на други специални закони... Не може да се използва специалният Закон за вероизповеданията, за да се осъществява правна защита от тероризма“, изтъкват православните духовници.
По отношение на финансирането Синодът заявява, че сега действащата нормативна уредба е достатъчно ясна при определянето на субсидиите за религиозните организации и не създава проблеми. И категорично отказва да бъде поставен „в състояние на свръхзависимост от натоварения със свръхфункции и свръхпълномощия административен орган – дирекция „Вероизповедания“. Обратното би било „доста силова намеса на държавата във вътрешния живот на вероизповеданията“.
Синодът не приема и проверката на даренията, която законопроектите предвиждат за религиозните институции, определяйки я като „държавно администриране на техния автономен живот“. И дават като пример за правилен законодателен подход данъчните облекчения, които редица закони сега дават на вероизповеданията. Духовниците обаче изразяват съгласие с идеята на вносителите да се увеличат субсидиите за религиозните организации.
