Управлението на европейското финансиране за научни изследвания, иновации и дигитализация ще бъде централизирано в нова оперативна програма под шапката на Министерския съвет. За целта ще бъдат разместени бюджетите по три съществували досега оперативни програми - към министерствата на образованието и на икономиката и програмата за електронно управление към самото МС. Това става ясно от публикувано в информационната система на правителството решение за разместване на примерното разпределение на средствата по оперативни програми за следващия програмен период.

Европейският бюджет на новата програма за научни изследвания, иновации и дигитализация ще бъде 883.29 млн. евро. Извън тези средства ще има и национално съфинансиране. Ресурсът е осигурен чрез намаляване на бюджета на ОП "Наука и образование", която занапред става само за образование и ще разполага със 751 млн. еврофинансиране - с 311 млн. евро по-малко спрямо предварително заложеното. 308 млн. евро се пренасочват от програма "Конкурентоспособност", която в областта на иновациите ще отговаря само за предприятията. 264 млн. евро за електронно управление се пренасочват от досегашната едноименна програма към новата, като програма "Електронно управление" се трансформира само в програма за техническа помощ. Тя остава под шапката на администрацията на МС, така че правителството ще управлява на практика две от общо 9 програми през новия програмен период 2021-2027 г. 

Обособяването на ресурса за наука, иновации и дигитализация в нова програма под управлението на МС не бе аргументирано подробно от кабинета. "Текущата криза, породена от пандемията от коронавирус, показа че е необходимо да се ревизира подходът към планиране на подкрепата от ЕС като основната цел е да се подпомогне развитието на среда и капацитет за иновативен и умен икономически преход и увеличаване на способността на икономиката да реагира при кризи", съобщиха само от МС за нуждата от размествания в програмите. В координацията на политиката за иновации обаче от години има проблеми и припокривания в отговорностите на институциите. Според източници на "Сега" разместването на програмите се е наложило и заради изискване на ЕС образователната програма да се финансира само от един фонд. Досега бе предвидено тя да ползва ресурси както от Европейския социален фонд, така и от Европейския фонд за регионално развитие. 

Финансирането на оперативните програми е по многогодишната финансова рамка, извън която попадат парите от фонда за възстановяване след коронавируса. По линия на пакета за възстановяване страната ни чака 12.2 млрд. евро финансиране - 6.2 млрд. евро грантове и 4.55 млрд. евро заеми. С парите ще се инвестират публични инвестиции и реформи с цел възстановяване от кризата и за постигането на устойчива, климатично неутрална, дигитализирана и ниско въглеродна икономика. В момента липсва детайли как точно ще се структурира управлението на този ресурс.