След обвиненията в трансфобия авторката на книгите за Хари Потър се сдоби и с обвинения в антисемитизъм. Американският комик, политически коментатор, актьор и телевизионен водещ Джон Стюарт посочи как Джоан Роулинг използва антисемитски стереотипи при описанието на някои от героите в магическия свят. Това са банкерите от магьосническа банка „Гринготс“ във франчайза за Хари Потър. Те са гоблини, но описанието им съвпада със зловещите изображения на евреи от

„Протоколите на сионските мъдреци“.

Антисемитската мистификация, описваща еврейски план за глобално господство, се появява през 1903 г. в Русия, през 20-те години известният с антисемитските си възгледи Хенри Форд финансира отпечатването на 500 хил. броя в САЩ, а нацистите публикуват и представят текста като достоверен документ, с който оправдават Холокоста, макар да е изобличен като мошеничество още през 1921 г. от лондонския в-к „Таймс“.

„Сега виждаме, че отново същата представя за евреите“, каза Стюарт по време на своя подкаст „Проблемът с Джон Стюарт“. Стюарт се позова на разговори, които е водил в Холивуд за филмите Хари Потър и открил, че макар приликата на гоблините с антисемитските карикатури да е очевидна, много хора не могат да я видят или рядко я осъзнават. Той разказа как е показвал илюстрации на антисемитски фолклор на десетки познати и почти всички предполагали, че това са илюстрации от книгите за Хари Потър — „Не са ли управителите на магьосническата банка?“

Стюарт отбелязва, че в света на Хари Потър „хората летят с дракони, имат сови за домашни любимци и въображението изглежда безкрайно - и все пак Роулинг е избрала евреи  да управляват банката“. Той е учуден колко малко от зрителите са го забелязали. 

Популярният водещ обаче не е съвсем прав. През 2020 г. в комедийното шоу Saturday Night Live Пийт Дейвидсън коментира, в книгите на Дж. К. Роулинг, „горите се контролират от кентаври, училищата се управляват от магьосници и призраци, но кой ръководи банките..... Очевидно евреите — малки еврейски гоблини с гигантски носове". Само че при него това бе казано като шега — Дейвидсън добави, че самият той е и полу-гоблин. 

В защита на Джоан Роулинг

може да се каже, че тя използва много фолклорни заемки в книгите за Хари Потър, нейните дракони са с огнен дъх и крила, троловете — с малък ум и големи тояги, , а гоблините - с нисък ръст, дълги криви носове и алчни. Всичко това са архетипи, които съществуват много преди раждането на Роулинг. Дж. Р. Р. Толкин описва гоблините по подобен начин „неприятно създание… малко по-дребно, понякога прегърбено и изглежда, че ходи и тича с накуцване“. 

Дебатът за предполагаемия антисемитизъм на писателката не съвпада с нейните публично изразявани възгледи за евреите.  През 2004 г. при  посещение в Музея на Холокоста тя сравни термините „калнокръвни“ и „полукръвни“, използвани в "Хари Потър", с антисемитската пропаганда на нацистите: „Ако смятате, че това е пресилено, вижте как нацистите обясняват разликите между арийската и еврейската кръв“.  

Лорд Волдемор е вдъхновен отчасти от Хитлер, 

твърди още Роулинг за най-зловещия герой в поредицата. И двата коментара бяха похвалени от различни еврейски организации.

Във филмите по книгите почти всичко минава през нейното одобрение.  Даниел Радклиф, който е ролята на главния герой, има майка еврейка, а филмовата компания, която продуцира филмите, Warner Brothers, е основана от Хирш, Ейбрахам, Шмул и Ицхак Уонсколазер (по-късно които по-късно променят фамилията на Уорнър).